История поликлиники начиналась в апреле 1990 года, а с января 1991 года была организована медицинская помощь работникам рыбного хозяйства по цехово-территориальному принципу. Главным врачом был утверждён Булгаков Юрий Владимирович. В штате тогда было 7 человек. В мае 1995 года утверждается «Акт государственной комиссии о приёмке в эксплуатацию поликлиники на 330 посещений в смену» по ул. Болдырева в г. Магадане. В 1995 года года было зарегистрировано государственное учреждение «Медико-санитарная часть открытого типа «Мага-данрыбпром», которое в 2001 году преобразовано в «Городскую поликлинику № 3», переданную в областное подчинение.
МОГБУЗ «Поликлиника №3» отличается укомплектованностью кадров и их квалификацией. Качество медицинской помощи в городских поликлиниках примерно равное – 30%, в этой поликлинике высока степень удовлетворенности пациентов медицинской помощи – 70,8%.
Сегодня это современное медицинское учреждение, в котором работают 8 отделений, при 270 посещений в смену. На медицинском обслуживании находится около 20500 человек, работники 107 предприятий, учащиеся профессиональных училищ, студенты Северо-Восточного государственного университета, проводятся медицинские осмотры для вахтовиков, плавсостава.
Терапевтическое отделение имеет 11 участков, ведут приём невролог, инфекционист, кардиолог, аллерголог-иммунолог. Имеются кабинеты: прививочный и процедурный.
В феврале 1997 года в хирургическом отделении открыт Центр амбулаторно-поликлинической хирургии, есть кабинеты хирургии, офтальмологии, гинекологии, отоларингологии, урологии.
Отделение стационарзамещающей помощи существует с 1997 года и оказывает квалифицированную помощь в дневном стационаре и на дому.
В клинико-диагностической лаборатории проводится обширный спектр исследований. Специалисты имеют высокую квалификацию, заведующий отделением имеет научные работы.
В состав диагностического отделения входят рентгенологические кабинеты, эндоскопия, кабинет ультразвуковой диагностики, функциональной диагностики.
Физиотерапевтическое отделение оснащено современным оборудованием для электро- и светолечения, магнитной, ультразвуковой, лазерной и механотерапии, массаж, лечебной физкультуры.
Вся статистическая информация обрабатывается в отделении компьютерной медицинской статистики и информатики. С 2020 года внедрена электронная система записи на приём.
Каждый из главных врачей внёс весомый вклад в развитие учреждения. Юрий Владимирович Булгаков первым заложил материально-техническую базу. Дальнейшее оснащение и подбор высококвалифицированных кадров произошли за время руководства главных врачей Анатолия Ивановича Мурая и Владимира Васильевича Макогона. С 2008 года коллектив возглавляла Марина Иосифовна Сыркина.
С 2006 года поликлиника работает в рамках национального проекта «Здоровье». Заметно стала снижаться заболеваемость многими инфекциями. По программе модернизации здравоохранения получено новое современное оборудование, проводится современный ремонт поликлиники.
В коллективе работают 5 врачей и среднего персонала с высшей категорией, 17 врачей и 25 среднего персонала с первой категорией.
В 2020 году главным врачом поликлиники стал Сергей Анатольевич Требуховский.